출처: https://privatedevelopnote.tistory.com/81 [개인노트]
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생명공학
[유전체 데이터 분석 내용 정리] 3-3. short-read NGS (2)
목차 ◎ SBL ◎ SBS 지난 3-2 글에 이어서 short-read NGS를 sequencing by ligation (SBL), sequencing by synthesis (SBS) 로 나누어 알아보려 한다. ◎ SBL 영상과 함께 이해하는 것을 추천한다. Thermo Fisher의 SOLiD, BGI의 complete genomics technology가 대표적인 SBL은 형광 표지가 있는 probe 시퀀스를 사용하는 것이 특징이다. probe 시퀀스는 template 서열에 따라 다른 색의 형광을발광할 수 있는데, template으로부터 하나의 염기서열만 읽느냐 두 개를 세트로 읽느냐에 따라 생김새가 조금 달라지고 SOLiD에서 사용하는 후자의 경우 다음과 같이 생겼다. 보면 맨 왼쪽에 있는 2..
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생명공학
[유전체 데이터 분석 내용 정리] 3-2. Next Generation Sequencing (NGS), short-read NGS (1)
목차 ◎ NGS의 등장 ◎ NGS 구분 ◎ short-read NGS (1) ◎ NGS의 등장 차세대 시퀀싱이라고도 불리는 NGS는 어떤 시퀀싱 기술을 특정하는 것이 아니라 생어 시퀀싱의 문제점인 low throughput을 극복한 high throuput seuqnecing 기술들을 총칭하는 말이다. 생어 시퀀싱과 달리 많은 수의, 다양한 종류의 DNA fragment들을 한 번에 처리할 수 있고, 그 특성 때문에 massive-parallel sequencing과도 같은 의미로 쓰인다. 2005년 454 Life Science의 pyrosequencing을 필두로 NGS의 시대가 도래했고, 속도와 가격, 그리고 성능의 발전 덕분에 whole exome, whole genome, whole transc..
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생명공학
[유전체 데이터 분석 내용 정리] 3-1. Sequencing - Sanger Sequencing (생어 시퀀싱)
목차 ◎ Sanger Sequencing (생어 시퀀싱) ◎ 생어 시퀀싱의 원리 ◎ 생어 시퀀싱의 장단점 ◎ Sanger Sequencing (생어 시퀀싱) 지난 [유전체 데이터 분석 내용 정리] 2. 유전체 데이터 분석 개요 (Genome Data Analysis) 에서 유전체 데이터 분석 과정 중 Sequencing (시퀀싱) 과정에서 뭘 하는지 간략하게 소개했다. 이번 글부터는 시퀀싱 방법으로는 어떤 것들이 사용되고, 과정과 특징이 어떤지를 짚어보려 한다. 가장 처음 소개 할 시퀀싱 방법은 생어 시퀀싱이다. 생어 시퀀싱은 1977년 Frederick Sanger (1918 - 2013) 에 의해 개발되었으며, 지금은 다양한 NGS 방법들에 의해 주류에서는 밀려났다. 하지만 Human Genome P..
